A armazenagem de produtos no Terminal do Pecém pode ser feita no pátio ou nos armazéns cobertos.
Área não coberta
O pátio de armazenagem comporta bobinas, chapas planas, rolos de fios máquina, vergalhões para a Usina Siderúrgica, cargas superdimensionadas (sob consulta) e carga não conteinerizada. Possui capacidade estática para 888 contêineres refrigerados e 16.000 TEUs, e área especial para contêineres que transportem carga classe IMO, menos para as classes 1 e 7.
| Área do pátio | 361.650 m² |
Área coberta
Os armazéns foram atendem à movimentação de cargas soltas, exclusivamente de longo curso, que precisam ficar abrigadas do tempo, bem como para serem utilizados nas operações de ova e desova de conteineres.
| Armazém 1 | 6.250 m² |
| Armazém 2 | 10.000 m² |
| Inspeção Aduaneira | 1.850 m² |